Según su uso
- Gestores clásicos: Este tipo de gestores necesitan forzosamente ser instalados en el ordenador desde el que se vaya a trabajar. (Citavi, EndNote)
- Gestores Web: Estos gestores permiten el acceso a las bases de datos de referencia de manera remota y permiten la sindicación de contenidos, trabajos en entornos compartidos, etc., pero en el trabajo sin instalación necesitan una conexión a internet contínua11(EndNote basic, Mendeley, RefWorks, Zotero)
- Gestores de referencias sociales: Estos gestores añaden la función de generar muy variados formatos de salida para insertar citas bibliográficas en los trabajos de investigación12(2collab, citeulike, Connotea, BibSonomy, Mendeley)
- Gestores con organización del conocimiento: Estos gestores añaden el "método de las fichas" al gestor bibliográfico. Permiten guardar no solamente los datos bibliográficos (y poco más), sino el texto de citas extraídas, los comentarios sobre los textos o partes de textos, y a veces las ideas propias. Estos elementos pueden ser enriquecidos de palabras clave independientemente de las referencias. (Bibliographix, Citavi, Docear)
Según licencia
- Software propietario: (Bibliographix, Biblioscape, Citavi, EndNote, Papers, RefWorks)
- Freeware: De uso gratuito (CiteUlike, Mendeley, Zotero)
- Software libre: (Bibus, Docear, JabRef, Zotero)
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